排污许可重点管理的排污单位由东莞市生态环境局核发排污许可证。其中，茶山、寮步、大朗、大岭山、石龙、石排、企石、横沥、东坑等9个镇的排污许可证，由东莞市生态环境局松山湖功能区直属分局核发；排污许可简化管理的排污单位由各镇街（园区）生态环境分局核发排污许可证。
属于2017-2019年应核发排污许可证的35个行业（包括计算机、通信和其他电子设备制造业及饮料制造业）的现有排污单位，如仍未取得排污许可证的，应在今年4月30日前申请并取得排污许可证，或完成排污登记。
依据《建设项目环境保护管理条例》、《建设项目竣工环境保护验收暂行办法》，需要对建设项目配套建设的环境保护设施进行调试的，建设单位应当确保调试期间污染物排放符合国家和地方有关污染物排放标准和排污许可等相关管理规定。
环境保护设施未与主体工程同时建成的，或者应当取得排污许可证但未取得的，建设单位不得对该建设项目环境保护设施进行调试。
排污证是指企业申请的排放危险废物与污染物的许可证，在范围内实行，对企业排放的废气、废水、固废等进行监控，以保障环境安全。
企业获得排污证应严格按照固定的程序进行。企业应该首先向当地环境的保护部门（或其授权的工作单位）递交申请表格，提供基本信息、污染物排放及处理设施等资料。环保的部门审核资料后，进行现场核查，对企业排放情况进行抽样检查，并向企业发出检查通知书。企业按通知书要求排放处理，经过检查合格后，环境的保护部门颁发排污许可证。